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¿Hay alguna forma de realizar descargas por lotes para todas las vías genéticas?

¿Hay alguna forma de realizar descargas por lotes para todas las vías genéticas?


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Me gustaría descargar todas las vías genéticas y los genes de cada vía. Preferiblemente, también la longitud del gen de cada gen. Sería mucho más conveniente si hubiera un paquete R.


Intente usar KEGG REST.

http://rest.kegg.jp/link/pathway/hsa ## lista de todos los genes y vías en humanos


Si está trabajando con vías de BioCyc, puede usar su API REST para descargar por lotes todos los genes de sus vías. Puede ejecutar una amplia gama de consultas, incluidas las consultas de BioVelo para todos los genes / compuestos en una vía específica, todas las vías en el organismo, etc. Una consulta para todas las vías en B. subtilis se vería así:

http://biocyc.org/xmlquery?[x:x%3C-bsub^^pathways]

Donde se obtiene un XML con los Cyc-ID de las vías que se pueden utilizar para buscar los genes. Una consulta para todos los genes en la vía de síntesis de arginina en B. subtilis se vería así:

http://biocyc.org/xmlquery?[x:y:=bsub~argsyn-pwy,x%3C-%28genes-of-pathway%20y%29]&detail=full

Que devuelve un XML con información sobre los genes, incluidas las posiciones inicial y final (es decir, la longitud del gen). Como no trabajo mucho en R, no sé si existe un paquete R. Pero es muy sencillo escribir scripts de Python para descargar y analizar XML.