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Árbol de la vida en formato de texto

Árbol de la vida en formato de texto



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Me pregunto si hay un árbol de la vida en formato de texto para compartir datos abiertos.


Quizás no a través del sitio web del árbol de la vida, pero el Árbol de la vida abierto existe para satisfacer esta necesidad. Puede exportar nuevos elementos de los nodos que le interesan.


La base de datos de taxonomía del NCBI contiene una base de datos (que yo sepa, la más completa / actualizada) con información sobre todas las especies clasificadas.

No lo he probado, pero supongo que es accesible a través de las herramientas de E-utilities, que normalmente le permitirán consultar y descargar información en formato xml o texto sin formato.

Además, todos los datos sobre los que se basa la base de datos de taxonomía están disponibles en el servidor ftp de NCBI, también incluyen archivos Léame para que pueda averiguar cómo se formatean los datos.


Los detalles taxonómicos de la diversidad son un andamiaje esencial para la educación en biología, sin embargo, todavía se emplean comúnmente métodos obsoletos para enseñar el árbol de la vida (TOL), como lo implica el contenido y el uso de los libros de texto. Aquí, mostramos que el enfoque tradicional solo representa vagamente las relaciones evolutivas, no indica los principales eventos en la historia de la vida y se basa en gran medida en la memorización de rangos taxonómicos casi sin sentido. Por el contrario, una estrategia basada en clados, centrada en ancestros comunes, grupos monofiléticos y rasgos funcionales derivados, se basa explícitamente en la "ascendencia con modificación" de Darwin, proporciona a los estudiantes un sistema racional para organizar los detalles de la biodiversidad y se presta fácilmente a técnicas de aprendizaje activo. Abogamos por una clasificación filogenética que refleje el TOL, un formato pedagógico de presentaciones cada vez más complejas pero siempre jerárquicas, y la adopción de tecnologías y tácticas de aprendizaje activo.

Citación: Ballen CJ, Greene HW (2017) Caminando y hablando del árbol de la vida: por qué y cómo enseñar sobre la biodiversidad. PLoS Biol 15 (3): e2001630. https://doi.org/10.1371/journal.pbio.2001630

Publicado: 20 de marzo de 2017

Derechos de autor: © 2017 Ballen, Greene. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la Licencia de Atribución Creative Commons, que permite el uso, distribución y reproducción sin restricciones en cualquier medio, siempre que se acredite el autor y la fuente originales.

Fondos: Los autores no recibieron financiación específica para este trabajo.

Conflicto de intereses: Los autores han declarado que no existen intereses en competencia.

Abreviaturas: LPDD, Diversidad dietética filogenética de por vida LUCA, Último antepasado común universal TOL, árbol de la vida

Procedencia: No encargado externamente revisado por pares


Características

¿Cómo podemos enseñar a los estudiantes a pensar como científicos en lugar de depender de la memorización?

  • Un énfasis único en el proceso de descubrimiento científico y diseño experimental. enseña a los estudiantes cómo pensar como científicos mientras aprenden conceptos fundamentales de biología.
    • El enfoque socrático de la narrativa (y en figuras y tablas seleccionadas) desafía al estudiante a considerar el método científico y pensar críticamente sobre la base de lo que ahora consideramos "hechos".
    • Cajas de experimentos Simular y reforzar el proceso de prueba de hipótesis del descubrimiento científico, ayudando a los estudiantes a navegar fácilmente a través de la lógica de la pregunta, la hipótesis y la prueba. Cada cuadro de experimento incluye una pregunta que pide a los estudiantes que analicen el diseño del experimento.
    • Preguntas y ejercicios experimentales Lleve el enfoque de prueba de hipótesis un paso más allá desafiando a los estudiantes a completar espacios en blanco con hipótesis nulas, resultados previstos y conclusiones. Una novedad en esta edición son las preguntas que les piden a los estudiantes que evalúen críticamente el diseño experimental del investigador.

    ¿Cómo podemos ayudar a los estudiantes principiantes a estar mejor preparados para los cursos futuros y más allá?

    • "Hilos de aprendizaje" entrelazados y codificados por colores ayuda a los estudiantes a reconocer primero la información esencial y luego evaluar si realmente la entienden.
      • El hilo de oro ayuda a los estudiantes a elegir ideas importantes mientras leen y nuevamente cuando estudian para los exámenes.
        • Conceptos clave y la información fáctica importante son resaltado dentro de la prosa conservando la narrativa cautivadora y narrativa.
        • Tablas de resumen reúna la información en un formato compacto para facilitar su revisión.
        • "Deberías poder ..." actividades aparecer en Verifica tu entendimiento recuadros y también se destacan dentro de la prosa, invitando a los estudiantes a aplicar sus conocimientos a nuevas situaciones.
        • Preguntas y ejercicios de subtítulos Rete a los estudiantes a examinar críticamente la información en figuras y tablas.
        • Verifica tu entendimiento Los recuadros presentan listas con viñetas fáciles de usar de los objetivos de aprendizaje "Si usted entiende ..." junto con las actividades de autoevaluación integradora "Debería poder ...".
        • Los resúmenes de capítulos incluyen sus propias actividades de “Debería poder…” para incitar a los estudiantes a volver a visitar los temas principales del capítulo y sintetizar la información.

        Nuevo en esta edición

        ¿Cómo podemos ayudar a los estudiantes a hacer la transición de la memorización al pensamiento de orden superior?

        • Se han simplificado los debates seleccionados, con un lenguaje más conciso, listas con viñetas que "fragmentan" información e ideas, y párrafos más cortos que conservan el estilo de escritura amigable de Scott Freeman.
        • Un mayor número de tablas de resumen reúna la información en un formato compacto que sea fácil de revisar y sintetizar para los estudiantes.
        • Un mayor número de preguntas y ejercicios de Experiment Box animar a los estudiantes a analizar aspectos del diseño experimental.
        • "Debería poder ..." las preguntas se distribuyen de manera más uniforme a lo largo de los capítulos y a lo largo de la escala de taxonomía de Bloom, para generar confianza en los estudiantes y proporcionarles preguntas de pensamiento de orden superior que los ayudarán a prepararse para los exámenes.
        • Respuestas sugeridas a todas las preguntas de hilo azul se proporcionan en la parte posterior del libro, para facilitar el acceso de los estudiantes.
        • Cada capítulo termina con un resumen más sucinto de conceptos clave, que revisan conceptos importantes en viñetas breves y manejables.
        • Un apéndice ampliado de BioSkills incluye preguntas y ejercicios que ayudan a los estudiantes a aprender y practicar habilidades fundamentales. Se pueden encontrar preguntas de práctica adicionales a su propio ritmo en línea en MasteringBiology. Como novedad en esta edición, se encuentran los apéndices de BioSkills sobre el uso del sistema métrico, raíces de palabras comunes en latín y griego, técnicas para aislar y visualizar componentes celulares, cultivo de células y tejidos y organismos modelo.

        ¿Cómo podemos ayudar a los estudiantes a no perder de vista las relaciones de “panorama general” entre los conceptos biológicos?

        • Cuatro notables Cuadro grande Los mapas conceptuales ayudan a los estudiantes a sintetizar información en los capítulos sobre Energía, Genética, Evolución y Ecología. Estas descripciones visuales se refuerzan con ejercicios de Verifique su comprensión y doce Mapas conceptuales interactivos que se pueden asignar en MasteringBiology®.
        • Una nueva sección en el Capítulo 1 introduce cinco características compartidas por todos los organismos vivos: energía, células, procesamiento de información, replicación y evolución. Estos cinco temas se revisan a lo largo del libro.

        ¿Cómo podemos fomentar una mayor participación y responsabilidad de los estudiantes en clase?

        • Siempre que ha sido posible, las preguntas abiertas que aparecen en el libro se han reescrito como preguntas de opción múltiple. que están disponibles para asignaciones en MasteringBiology o para su inclusión en pruebas.
        • Se han agregado diez tutoriales de investigación experimental a MasteringBiology para ayudar a los estudiantes a comprender la configuración experimental, los datos y el razonamiento que llevó a los científicos de los datos a sus conclusiones. Los experimentos van desde el descubrimiento de la replicación del ADN de Meselson-Stahl hasta el trabajo de los Grants sobre los pinzones de Galápagos y el estudio de Connell sobre la competencia entre percebes.
        • Cuestionarios de lectura previos a la clase—Uno por capítulose puede asignar a través de MasteringBiology para ayudar a sus estudiantes a mantenerse al día con la lectura antes de la clase para que estén mejor preparados durante la conferencia.

        ¿Cómo podemos hacer que los conceptos de biología sean más accesibles y atractivos para los estudiantes visuales?

        • Árboles filogenéticos recientemente rediseñados Presentar la información en un formato de arriba a abajo más fácil de leer, en forma de U, de la misma manera que los árboles se describen con mayor frecuencia en la literatura científica.
        • Una mayor cantidad de preguntas y ejercicios de subtítulos de figuras se centran en la interpretaciónconjuntos de datos y gráficos.
        • Se han ampliado las figuras y fotografías seleccionadas para aumentar el atractivo visual de la figura y hacer que los detalles sean más fáciles de ver.
        • Los iconos moleculares se han simplificado. para darles más dimensión y claridad sin sacrificar la representación precisa del tamaño y la masa.
        • Las flechas han reemplazado a las "agujas del puntero" de ediciones anteriores para hacer las anotaciones de figuras más simples y precisas.
        • BioFlix ™ son animaciones 3D con calidad de película disponibles en MasteringBiology. Para esta edición se han desarrollado cinco nuevas animaciones y tutoriales de BioFlix 3-D, sobre mecanismos de evolución, homeostasis, intercambio de gases, ecología de poblaciones y el ciclo del carbono.

        Árbol de la vida en formato de texto - Biología

        Tipo de recurso: Actividad web

        La explosión cámbrica Vea una animación de criaturas de la explosión cámbrica creada para Evolución: "Grandes Transformaciones".

        Tipo de recurso: Video
        Largo: 24 segundos

        Kit de herramientas genéticas El conjunto compartido de genes para segmentos corporales, que poseen todos los animales, se discute en este segmento de video de Evolución: "Grandes Transformaciones".

        Tipo de recurso: Video
        Largo: 4 min, 47 seg

        El auge de los mamíferos
        Este diagrama muestra el enorme aumento de la variedad de mamíferos desde el período Cretácico.

        Mike Novacek: fósiles en el Gobi
        El biólogo Mike Novacek analiza su descubrimiento de fósiles de mamíferos en el desierto de Gobi y lo que podemos aprender de ellos.

        Biología y teoría evolutiva
        Esta colección de artículos y ensayos ofrece respuestas científicas a las muchas preguntas y refutaciones que han aparecido en Talk.Origins, un grupo de noticias de Usenet dedicado a la discusión y el debate sobre los orígenes biológicos y físicos. Organizado por Talk.Origins.

        Evolución / Paleontología
        Elija entre una colección categorizada de enlaces relacionados con la evolución. La página está alojada por una "guía" experta, que examina el contenido disponible en la Web para determinar su relevancia y calidad. Alojado por About.com.

        El arbol de la Vida
        Esta es la versión en línea del "árbol de la vida" del profesor de la Universidad de Arizona David Maddison. Con más de 2.000 páginas web aportadas por biólogos investigadores de todo el mundo, este sitio contiene información sobre la diversidad de organismos en la Tierra, sus historias y sus relaciones entre sí.

        ¡Evolución! Hechos y falacias
        Este volumen contiene las actas del simposio "Evolución! Hechos y falacias" celebrado en UCLA en 1997. Con contribuciones de Schopf, Stephen Jay Gould, Charles Marshall y otros, el libro aborda conceptos erróneos de la evolución y de la ciencia en general. Editado por J. William Schopf [San Diego: Academic Press, 1999].

        Explorando la biología evolutiva: lecturas de Científico americano
        Esta colección de artículos escritos para una amplia audiencia incluye varias piezas sobre lo que los científicos han interpretado del registro fósil, como cuándo la vida invadió la tierra y cómo evolucionó una vez allí. Editado por Montgomery Slatkin [Sunderland, Mass .: Sinauer Associates, Inc., 1995].

        Historia de la vida, 3ª ed.
        Escrito originalmente para la clase de Historia de la Vida que el autor enseña en la Universidad de California, Davis, este libro ilustrado es una introducción a la paleontología y al pensamiento científico en general. Por Richard Cowen [Malden, Mass .: Blackwell Science, 2000].

        En busca del tiempo profundo: más allá del registro fósil hacia una nueva historia de la vida
        Este libro, escrito por el principal escritor científico de Naturaleza revista, ofrece ofrece una buena introducción para los lectores interesados ​​en el sistema de clasificación conocido como cladística. Por Henry Gee [Nueva York: The Free Press, 1999].

        Patrones de evolución: la nueva visión molecular
        En este libro, Lewin, un periodista científico, explica cómo las técnicas moleculares desarrolladas recientemente han proporcionado una nueva línea de evidencia para los estudios evolutivos. Por Roger Lewin [Nueva York: Scientific American Library, 1997].

        Formas del tiempo: la evolución del crecimiento y el desarrollo
        En este libro, el autor detalla cómo ocurren los cambios en los tamaños, formas y comportamientos de ciertas especies. Por Kenneth J. McNamara [Baltimore: The Johns Hopkins University Press, 1997].

        El libro de la vida
        Este libro, que analiza cronológicamente la evolución, incluye presentaciones de reconocidos expertos Jack Sepkoski, Michael Benton y otros. Las ilustraciones y gráficos dinámicos complementan la escritura sólida. El libro atraerá a estudiantes y lectores en general que deseen una revisión en profundidad de la historia de la vida. Editado por Stephen Jay Gould [Nueva York: W.W. Norton & Co., 2001].

        Los fósiles de Burgess Shale
        Este libro proporciona una imagen completa del famoso hallazgo de fósiles de Burgess Shale. Los autores ofrecen relatos detallados del trabajo de campo realizado en el sitio y numerosas fotografías e ilustraciones de los propios fósiles. Por Derek Briggs, Douglas Erwin y Frederick Collier [Washington, DC: Smithsonian Institution Press, 1994].

        Los orígenes de la vida: desde el nacimiento de la vida hasta el origen del lenguaje
        En este libro, dos científicos actualizan su trabajo clásico, Las principales transiciones en la evolución, para una audiencia más amplia. Se centran principalmente en los cada vez más intrincados mecanismos mediante los cuales la información de la vida se ha transmitido de generación en generación, desde los diminutos orígenes de la vida hasta la formación de sociedades cooperativas y el nacimiento del lenguaje. Por John Maynard y E & oumlrs Szathm & aacutery [Oxford: Oxford University Press, 1999].


        Conclusión

        Los desarrollos recientes en la genómica procariota revelan la omnipresencia de la HGT en el mundo procariota y, a menudo, se considera que socava el concepto del árbol de la vida: desarraigar el árbol de la vida [9, 11, 22, 35, 60]. No hay duda de que las observaciones ahora bien establecidas de que la HGT prácticamente no escatima genes en algunas etapas de su historia [15, 16] derrocan un concepto de árbol de vida 'fuerte' bajo el cual todos (o la mayoría sustancial) de los genes contar una historia coherente de la evolución del genoma (el árbol de la especie o el árbol de la vida) si se analiza con los métodos adecuados. Sin embargo, ¿hay alguna esperanza de salvar el árbol de la vida como tendencia central estadística [28]? Los resultados de un análisis comparativo completo de árboles filogenéticos para genes procarióticos descritos aquí sugieren una respuesta positiva a esta pregunta crucial.

        El mensaje de este análisis es doble. Por un lado, detectamos altos niveles de inconsistencia entre los árboles que componen el bosque de la vida, muy probablemente debido a una extensa HGT, una conclusión que se apoya en observaciones más directas de numerosas transferencias probables de genes entre arqueas y bacterias. Por otro lado, detectamos una señal distinta de una topología de consenso que era particularmente fuerte en las NUT. Aunque las NUT mostraban una cantidad sustancial de HGT aparente, los eventos de transferencia parecían estar distribuidos aleatoriamente y no oscurecían la señal vertical. Además, la topología de los NUT era bastante similar a la de muchos otros árboles en el bosque, por lo que, aunque los NUT ciertamente no pueden representar el bosque por completo, este conjunto de árboles casi universales en gran medida consistentes es un candidato razonable para representar una tendencia central. Sin embargo, el lado opuesto de la moneda es que la consistencia entre los árboles en el bosque es alta a poca profundidad de los árboles y cae abruptamente, casi hasta el nivel de árboles aleatorios, a mayores profundidades filogenéticas que corresponden a la radiación de archaeal. y phyla bacteriano. Esta observación arroja dudas sobre la existencia de una tendencia central en el bosque de la vida y sugiere la posibilidad de que las primeras fases de la evolución no hayan sido parecidas a árboles (un Big Bang biológico [36]). Para abordar este problema directamente, simulamos la evolución bajo el modelo CC [39, 40] y bajo el modelo BBB, y encontramos que el escenario CC se aproxima mejor a la dependencia observada entre la inconsistencia del árbol y la profundidad filogenética. Por lo tanto, una señal filogenética consistente parece ser discernible a lo largo de la evolución de arqueas y bacterias, pero bajo el modelo CC, la perspectiva de resolver inequívocamente las relaciones entre los principales clados de arqueas y bacterias es sombría.

        La interpretación más sencilla de la tendencia central detectada en el bosque de la vida es que representa una herencia vertical que impregna toda la historia de las arqueas y las bacterias. No se puede descartar una contribución de 'autopistas' de HGT (es decir, HGT preferencial entre ciertos grupos de arqueas y bacterias) que podría imitar la evolución vertical [15]. Sin embargo, en nuestra opinión, la falta de agrupaciones significativas dentro del grupo de NUT y los altos niveles comparables de similitud entre las NUT y diferentes grupos de árboles en el bosque sugieren que la tendencia, aunque relativamente débil, es principalmente vertical.

        En resumen, la HGT es omnipresente en el mundo procariota, por lo que hay muy pocas NUT completamente consistentes. Por lo tanto, el concepto original del árbol de la vida es obsoleto: ni siquiera sería un "árbol del uno por ciento" [38]. Sin embargo, parece haber una señal discernible de coherencia entre los árboles del bosque de la vida, hasta los niveles de ramificación más profundos. Si esta tendencia central se denota o no como un árbol de la vida podría ser una cuestión de convención y conveniencia, pero la naturaleza de esta tendencia, así como las otras tendencias que se pueden discernir en el bosque, merecen una mayor investigación.


        El arbol de la Vida

        Un árbol filogenético muestra la evolución de las relaciones entre diferentes organismos.

        Biología, Ecología, Ciencias de la Tierra, Geología, Geografía, Geografía física

        organismo del que se desciende.

        gran filo de animales acuáticos (como medusas y corales) caracterizado por simetría corporal radial y tentáculos punzantes.

        cambio en los rasgos hereditarios de una población a lo largo del tiempo.

        que tiene que ver con genes, características heredadas o herencia.

        animal con pelo que da a luz descendencia viva. Las hembras de mamíferos producen leche para alimentar a sus crías.

        cosa viviente o viviente.

        estudio de cómo los organismos se relacionan entre sí a medida que se desarrollan a lo largo del tiempo.

        grupo de organismos similares que pueden reproducirse entre sí.

        organismo con columna vertebral o columna vertebral.

        Créditos de medios

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        Director

        Tyson Brown, Sociedad Geográfica Nacional

        Autor

        Sociedad Geográfica Nacional

        Gerentes de producción

        Gina Borgia, National Geographic Society
        Jeanna Sullivan, Sociedad Geográfica Nacional

        Especialistas del programa

        Sarah Appleton, Sociedad Geográfica Nacional
        Margot Willis, Sociedad Geográfica Nacional

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        Evolución

        A mediados del siglo XIX, Charles Darwin describió la famosa variación en la anatomía de los pinzones de las Islas Galápagos. Alfred Russel Wallace señaló las similitudes y diferencias entre las especies cercanas y las separadas por fronteras naturales en el Amazonas e Indonesia. Independientemente, llegaron a la misma conclusión: a lo largo de generaciones, la selección natural de rasgos heredados podría dar lugar a nuevas especies. Utilice los recursos a continuación para enseñar la teoría de la evolución en su salón de clases.


        Árbol de la vida en formato de texto - Biología

        Le invitamos a descargar la siguiente imagen gráfica de
        el Árbol de la Vida para fines educativos no comerciales:

        3000 especies, basadas en secuencias de ARNr) (pdf, 368 KB)

        (ver Ciencias, 2003, 300:1692-1697)

        Este archivo se puede imprimir como póster de pared. Se recomienda imprimir al menos 54 '' de ancho.
        (Si prefiere una versión simplificada con nombres comunes, consulte a continuación).
        Las tiendas de planos y otros lugares con impresoras de gran formato pueden imprimir este archivo por usted.
        Le invitamos a utilizarlo con fines educativos no comerciales.
        Cite la fuente como David M. Hillis, Derrick Zwickl y Robin Gutell, Universidad de Texas.
        Acerca de este árbol: este árbol proviene de un análisis de secuencias de ARNr de subunidades pequeñas muestreadas
        de aproximadamente 3.000 especies de todo el Árbol de la Vida. Las especies fueron elegidas en base
        sobre su disponibilidad, pero intentamos incluir a la mayoría de los grupos principales, muestreados
        muy aproximadamente en proporción al número de especies conocidas en cada grupo (aunque muchas
        grupos siguen estando sobre o subrepresentados). El número de especies
        representado es aproximadamente la raíz cuadrada del número de especies que se cree que existen en la Tierra
        (es decir, tres mil de un estimado de nueve millones de especies), o alrededor del 0,18% de los 1,7 millones
        especies que han sido descritas y nombradas formalmente. Este árbol ha sido usado
        en muchas exhibiciones de museos y otras exhibiciones educativas, y su uso con fines educativos
        es bienvenido. A continuación se muestran varias adaptaciones de esta figura, mis favoritas son los dos impresionantes tatuajes en la espalda.
        de Clare D'Alberto y Monica Quast. Adaptaron individualmente sus tatuajes
        de otra versión del árbol que usé como cubierta de libro,
        que se muestra debajo de los tatuajes. Debajo de la portada del libro hay una foto del árbol tal como se usó en una exhibición en
        & quotMassive Change: The Future of Global Design & quot (que abrió por primera vez en la Galería de Arte de Vancouver,
        y desde entonces ha aparecido en Toronto y Chicago, y está programado para exhibirse en varios lugares
        alrededor del mundo). Luego, debajo está el trabajo encargado por un artista para un hospital, y enlaces
        a una versión interactiva del diagrama Árbol de la vida con nombres comunes.

        Tatuaje del árbol de la vida, cortesía de Clare D'Alberto, quien está trabajando en su doctorado. en biología en la Universidad de Melbourne.
        Observe que esta versión del árbol es la misma que aparece en
        Vida: La ciencia de la biología, 8ª ed.
        (D. Sadava, H. C. Heller, G. H. Orians, W. K. Purves y D. M. Hillis
        publicado por Sinauer Associates y W. H. Freeman, 2008):


        Los organismos representados en este tatuaje son (comenzando a las 4 en punto y girando en el sentido de las agujas del reloj):
        (1) una cianobacteria (Anabaena) (2) un radiolario (Acantarea) (3) un dinoflagelado (Ceratium)
        (4) una angiosperma (orquídea araña) (5) un par de especies de hongos (Penicillium y una levadura) (6) un ctenóforo (jalea de peine)
        (7) un molusco (nudibranquio) (8) un equinodermo (estrella quebradiza) y (9) un vertebrado (Weedy Sea Dragon).

        ¡Aquí hay otro gran tatuaje del árbol de la vida! Éste es cortesía de Monica Quast, quien es Ph.D. estudiante de la Universidad de Campinas, Brasil, trabajando en filogeografía bivalva. Los organismos representados en esta versión son (en sentido horario): una cianobacteria, un foraminífero, 3 diatomeas, una hoja de roble y una bellota, un Spirogyra celular, un hongo de jaula roja, un stauromedusa, un nautilus, un tardígrado, un ofiuroide y un tejón. El tatuaje de Monica se basa en el árbol de la vida que usamos en Vida: la ciencia de la biología (Sinauer Associates y W. H. Freeman ver la última imagen, a continuación para obtener más información).

        Portada de Molecular Systmatics, 2a ed .:


        Aquí hay otra versión de Hannah Udelll de la Universidad de Wisconson-Madisson. En esta versión, el artista del tatuaje usó punteado e incluyó el árbol completo, pero punteó los nombres de las especies para darle un aspecto artístico.


        De la exhibición Massive Change: The Future of Global Design:

        Aquí hay una versión modificada por la artista Carol Ballenger, encargada por un hospital:

        En La Caru & ntildea, España, dos profesores de una escuela secundaria, Enrique Santill & aacuten y Teodoro Rodr & iacuteguez, trabajaron con sus alumnos para construir
        una versión modificada de este árbol para explicar el árbol de la vida al público. Aquí está su descripción del proyecto y algunas fotografías.
        de su inteligente proyecto educativo:

        & quot; Hicimos una impresión de gran formato, lo fijamos en un círculo de madera de gran tamaño (2,10 m. de diámetro) con un arnés de acero detrás
        permitió que girara sobre un eje central e instaló dos lentes de aumento fijos para que la gente pudiera leer cómodamente la escritura. Además,
        arreglamos un panel con un. mención del Año Internacional de la Biodiversidad, y una treintena de imágenes de diferentes representantes
        En la feria, nuestros alumnos hicieron un excelente trabajo explicando el árbol a los asistentes y recolectamos comentarios efusivos de
        el público en general (principalmente sorprendido por el hecho de estar tan cerca de los ratones, la enorme cantidad de especies y las conexiones
        entre ellos) así como de los expertos (por el nivel de conocimiento de nuestros alumnos y el desarrollo de la experiencia). & quot

        Esta figura ha sido impresa y utilizada en muchos lugares. Me alegró ver su uso en las oficinas de la Facultad de Ciencias Biológicas de la Universidad de Nebraska:

        En el Museo de la Mente en Filipinas (abajo), han realizado una exhibición de su Galería de la Vida sobre el Árbol de la Vida.
        Kai Pobre, el gerente de la exhibición, explica la exhibición: “Tenemos la parcela Hillis en el tronco del árbol [grabado en madera] donde los visitantes pueden leer los nombres de las diversas especies a través de una lupa. Arriba hay un video que muestra las teorías sobre cómo comenzó la vida. El árbol [que crece en la parcela] está hecho de metal que muestra la ramificación de Archea, Bacteria y Eucariotas, mientras que los organismos están hechos de capullos de resina y alambres esculpidos.

        A continuación se muestra una versión simplificada del Árbol de la vida, que muestra los nombres comunes de los grupos principales. Esta versión del árbol
        se basa en el apéndice del Árbol de la vida en Vida: la ciencia de la biología, 9a ed.,
        por D. Sadava, D. M. Hillis, H. C. Heller y M. Berenbaum (Sinauer Associates y W. H. Freeman, 2011).
        Se puede encontrar una versión interactiva de este árbol en el sitio web de Life. Al hacer clic en los nombres de taxón en la versión interactiva se mostrará
        una descripción del grupo, proporcionar enlaces a información sobre los diversos taxones (incluidas fotografías, listas de especies, mapas de distribución, etc.),
        y resalte el clado respectivo en el árbol.
        El pdf de este archivo es de 35 kb.

        Este también se ha convertido en tatuajes, como en este tatuaje de brazo sin etiqueta (cortesía de Joel Klinepeter).
        Observe el asterisco, que significa & quot ¡Está aquí! ”.


        Referencias

        Las traducciones al inglés de los datos de referencia en alemán, portugués y español son realizadas por los autores de este artículo.

        Abbagnano, N. (1999). Dicionário de Filosofia, 3ª ed. São Paulo: Ed. Martins Fontes. (Abbagnano, N. 1999. Dicionário de Filosofia. 3ª ed. São Paulo: Ed. Martins Fontes). Disponible solo en el portugués original.

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        ‘Tree of Life’ for 2.3 Million Species Released

        A first draft of the “tree of life” for the roughly 2.3 million named species of animals, plants, fungi and microbes -- from platypuses to puffballs -- has been released.A collaborative effort among eleven institutions, the tree depicts the relationships among living things as they diverged from one another over time, tracing back to the beginning of life on Earth more than 3.5 billion years ago.Tens of thousands of smaller trees have been published over the years for select branches of the tree of life -- some containing upwards of 100,000 species -- but this is the first time those results have been combined into a single tree that encompasses all of life. The end result is a digital resource that available free online for anyone to use or edit, much like a “Wikipedia” for evolutionary trees. “This is the first real attempt to connect the dots and put it all together,” said principal investigator Karen Cranston of Duke University. “Think of it as Version 1.0.”The current version of the tree -- along with the underlying data and source code -- is available to browse and download at https://tree.opentreeoflife.org.It is also described in an article appearing Sept. 18 in the Proceedings of the National Academy of Sciences.Evolutionary trees, branching diagrams that often look like a cross between a candelabra and a subway map, aren’t just for figuring out whether aardvarks are more closely related to moles or manatees, or pinpointing a slime mold’s closest cousins. Understanding how the millions of species on Earth are related to one another helps scientists discover new drugs, increase crop and livestock yields, and trace the origins and spread of infectious diseases such as HIV, Ebola and influenza. Rather than build the tree of life from scratch, the researchers pieced it together by compiling thousands of smaller chunks that had already been published online and merging them together into a gigantic “supertree” that encompasses all named species.The initial draft is based on nearly 500 smaller trees from previously published studies.To map trees from different sources to the branches and twigs of a single supertree, one of the biggest challenges was simply accounting for the name changes, alternate names, common misspellings and abbreviations for each species. The eastern red bat, for example, is often listed under two scientific names, Lasiurus borealis and Nycteris borealis. Spiny anteaters once shared their scientific name with a group of moray eels. “Although a massive undertaking in its own right, this draft tree of life represents only a first step,” the researchers wrote.For one, only a tiny fraction of published trees are digitally available.A survey of more than 7,500 phylogenetic studies published between 2000 and 2012 in more than 100 journals found that only one out of six studies had deposited their data in a digital, downloadable format that the researchers could use.The vast majority of evolutionary trees are published as PDFs and other image files that are impossible to enter into a database or merge with other trees.“There’s a pretty big gap between the sum of what scientists know about how living things are related, and what’s actually available digitally,” Cranston said. As a result, the relationships depicted in some parts of the tree, such as the branches representing the pea and sunflower families, don’t always agree with expert opinion. Other parts of the tree, particularly insects and microbes, remain elusive. That’s because even the most popular online archive of raw genetic sequences -- from which many evolutionary trees are built -- contains DNA data for less than five percent of the tens of millions species estimated to exist on Earth.“As important as showing what we do know about relationships, this first tree of life is also important in revealing what we don’t know,” said co-author Douglas Soltis of the University of Florida.To help fill in the gaps, the team is also developing software that will enable researchers to log on and update and revise the tree as new data come in for the millions of species still being named or discovered.“It’s by no means finished,” Cranston said. “It’s critically important to share data for already-published and newly-published work if we want to improve the tree.”“Twenty five years ago people said this goal of huge trees was impossible,” Soltis said. “The Open Tree of Life is an important starting point that other investigators can now refine and improve for decades to come.”This research was supported by a three-year, $5.76 million grant from the U.S. National Science Foundation (1208809).Other study co-authors include Cody Hinchliff and Stephen Smith of the University of Michigan James Allman of Interrobang Corporation Gordon Burleigh, Ruchi Chaudhary and Jiabin Deng of the University of Florida Lyndon Coghill, Peter Midford and Richard Ree of the Field Museum of Natural History Keith Crandall and Christopher Owen of George Washington University Bryan Drew of the University of Nebraska-Kearney Romina Gazis and David Hibbett of Clark University Karl Gude of Michigan State University Laura Katz and H. Dail Laughinghouse IV of Smith College Emily Jane McTavish of the University of Kansas Jonathan Rees of the National Evolutionary Synthesis Center and Tiffani Williams at Texas A&M University.

        CITATION: "Synthesis of Phylogeny and Taxonomy Into a Comprehensive Tree of Life," C. Hinchliff et al. Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS Sept. 18, 2015. DOI: 10. 1073/pnas.1423041112


        Think about or draw out your family tree adding aunts, uncles, and cousins. (If you don't have siblings or cousins just draw a big family tree from your imagination.) Based on your family tree, you can see that you are more closely related to your sister (or brother) than you are to your cousin that is there are fewer "branches" separating you from your sister than there are separating you and your cousin.

        Now imagine that a biologist arrived at a big family reunion and had no idea who were sisters, cousins, aunts, uncles, etc. but tried to sort it out by how all of you look. Just based on how you look, would s/he be able to guess which of the two kids standing next to you is your sister and which is your cousin? In many families, the biologist may be able to make a pretty good guess based on your visible features (called your morphology), like number of arms/legs/eyes, hair color, nose shape, etc. (Notice that some of these morphological features are shared by all humans but that other features can be used to distinguish you from one another.) But this is not a fail-safe approach to determining familial relationships&mdashas some people look more like their cousin than their sister, right? You could just use morphology to make a good guess.

        So what is the best way to determine how related you are to one another (besides just asking -- but stick with me here)? The biologist would have to look at your DNA! You get half of your DNA from your mother and half from your father. Both of those "halves" are very similar to one another&mdashwith one difference about every 1000 base pairs (but out of three billion total letters&mdashthat's three million differences!). And your mother and father got their DNA from their parents and so on up the family tree. Your DNA should be MUCH more similar to your sister's than your cousin's because you and your sister both got your DNA from the same parents, whereas there are many more branches in the tree (and thus many more matings and DNA base pair differences entering the tree) between you and your cousin. That is, you are much more similar genetically to your sister because you have more recent common ancestors than you and your cousin.

        Family Trees In Biology

        So how does all of this apply to biology? For centuries, scientists have been trying to draw the family tree that reflects the history and evolution of all animals on the earth. This tree would show which species are more closely related to one another, like the case where you are "closer" to your sister on your family tree than you are to your cousin. For example, humans are more closely related to chimpanzees than to dolphins, so chimps and humans would have fewer branches between them on the "animal family tree."

        How do scientists make this family tree? For many years, scientists relied on comparisons of morphological characteristics (like hair, teeth, limbs, fins, hearts, livers, eyes, etc.) to try to figure out who was more closely related to whom. These kinds of comparisons are often accurate, but as you saw in the example of a human family, these physical characteristics can sometimes be misleading. Evidence of this concept is that different scientists would come up with different trees/relationships by using different sets of morphological information! So which tree is "right?"

        To think about how to identify the "right" tree, we have to think about how these animals became different from one another throughout evolution. All heritable morphological changes (those changes that can be passed down to the next generation) are a result of changes (mutations) in an organism's DNA. This mutation can lead to a change in a protein sequence or a change in when, where or how much of the protein gets made. ¡Eso es todo! One or a couple of these changes can lead to big a difference in morphology and/or the way a single cell in the organism can function. So over billions of years of evolution, a slow accumulation of DNA sequence (and thus some protein sequence) changes has led to the existence of all of the earth's different species -- with some more closely related to one another than others. This whole process is called molecular evolution.

        So, as we saw with the family reunion example, the best way to see how related two organisms are is to compare their DNA or protein sequences. (Remember that a protein's sequence is encoded in its gene's DNA - so the only way to get a protein sequence change is to get a change in the DNA that codes for it.) Those organisms with the most similar DNA/protein sequence are almost surely more closely related than those with less similar DNA/protein sequences.

        Why didn't scientists use DNA sequences to build the trees 100 years ago? First, it has only been about 50 years since the discovery that DNA is actually the genetic material that gets passed on through generations. Second, DNA and protein sequencing technologies have only recently gotten efficient enough that DNA/protein sequence data is available from many different kinds of animals. With all of this new information, scientists are working hard to build the "true" animal family tree. And there have been cases where the tree built using DNA sequence data differs from those built using morphological data! (Can you explain for your project why DNA sequence is the "gold standard" for determining relatedness between animals?)

        Note: Even though sequence comparison is the gold standard, it is not perfect. Sometimes comparisons of different proteins will yield different trees. Which one is right? Why might this happen?


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